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Hinter dem Hauptaltar der Pelagiuskirche liegt eine halb eingegrabene (früh)romanische Krypta, die einzige ihrer Art in Istrien und eine der wenigen in ganz Kroatien.
Kulturelle Sehenswürdigkeit Glockenturm (Novigrad, Istrien)
Kulturelle Sehenswürdigkeit Krypta, Reiseführer für Urlaub in Novigrad, Istrien
Kulturelle Sehenswürdigkeit Glockenturm, Novigrad
Die Krypta ist dreischiffig, mit starken Kreuzgewölben und zwei kleinen, überwölbten Räumen in den toten Ecken. Im zentralen Teil steht die Confessio (Raum mit Heiligengrab), die eine Inschrift mit dem Namen des Bischofs Adam aus dem Jahr 1146 trägt. In den 1895 durchgeführten archäologischen Untersuchungen, in denen versucht wurde, die Fundamente der frühchristlichen Basilika zu ermitteln, wurden in der Krypta zahlreiche Fragmente liturgischen Inventars aus dem (frühen) Mittelalter gefunden. Sie sind heute im Novigrader Museum ausgestellt.
Das Lapidarium wurde auch durch weitere, in den Renovierungsarbeiten 1996-99 gemachte Funde vervollständigt. Diese gaben neue Aufschlüsse über die Entstehung der Krypta, der Pelagiuskirche und der Stadt selbst. Typologisch ist die Novigrader Krypta mit derjenigen in Aquileia verwandt und wird daher in das Ende des 8. und den Anfang des 9. Jh. datiert.